Ich würde erstmal die Ursache der Rostflecken feststellen.
Ist das Karosserieblech betroffen? Oder kommt der Rost von Metallverstärkungen in der Dichtung.
Im 2. Fall würd ich das einfach sauber machen und die Dichtung wechseln.
Im 1. Fall hilft das nur, wenn du wirklich bis aufs blanke Blech abschleifst, etwas gegen den Rost machst, Rostumwandler, Zinkgrundierung, spachteln, Schleifen, .... lackieren.
Die Grundarbeit kannst du mit 180er Körnung machen, später mit 400er Nassschleifpapier, immer feiner werdend bis hin zu 800er oder 1000er. Die Ränder, die beim Lackieren entstehen, kann man, wenns ausgehärtet ist, mit 2000er Nassschleifpapier vorsichtig egalisieren und anschließend polieren.
Nicht umsonst verlangen Lackierer ein Schweinegeld. Das meiste geht für die Schleifarbeiten drauf.
Guck mal was der da schreibt:
http://www.rrr.de/~agento/technical/lack.htm