Ambesten den vergaser mal ausbauen und reinigen.Dann schauen ob alles stimmt.Vielleicht haben die ja einen Fehler bei der Entdrosselung gemacht.Also sind die richtigen Düsen drin,düsennadel in die richtige Kerbe gesetzt. ein paar infos zur vergaser einstellung gibts hier
http://www.gs500faq.de.ms/
Mechanische geräusche von den Ventilen ist bei der Gs normal.
Wenn noch andere geräusche beim fahren kommen,würde ich erstmal nach der Kette schauen ob die noch richtig gespannt und ok ist.Die kette kann auch schonmal geräusche machen und man meint es kommt vom Motor.