Hallo Micha,

da fallen mir zwei mögliche Ursachen ein. Da du ja schon die Zündspulen getauscht hattest, und es trotzdem der rechte Zylinder war, kann man das wohl ausschließen. Somit bleiben nur noch die Zündplatte und die CDI.

Gegen die CDI spricht, dass der Fehler schon nach so kurzer Zeit auftritt, da wird die BlackBox noch nicht warm genug sein.
Für die Zündplatte bzw. den Hallgeber unter dem rechten Deckel spricht die Tatsache, das nach dem abkühlen der Maschine alles wieder funktioniert. Wenn es dir möglich ist, dann bau doch mal eine andere Zündplatte ein bzw. kontrolliere mal alle Anschlüsse und Kabel in diesem Bereich. Ansonsten gibts die Teile recht günstig gebraucht im i-Net

Gruß,