An deiner Stelle würde ich mal die Spannungsverluste zwischen Regler und Batterie im Fahrbetrieb messen. Also eine Klemme vom Messgerät an Batterie-Plus, die andere an den Regler-Plus, im Idealfall sollte die angezeigte Spannung bei weniger als 50mV liegen. Selbiges zwischen Minus-Pol der Batterie und des Regler-Ausgangs.
Deutlich höhere Spannunsgverluste können z.B. auf korrodierte Stecker, schlechte Crimpungen im Kabelbaum etc. hinweisen. Da solche Fehler aber oftmals vibrationsabhängig sind und Vibrationen von Drehzahl und Last abhängig sind, muss eine Messung im Standbetrieb nicht unbedingt einer während der Fahrt wiederspiegeln
Alternativ wie AmigaHarry schon vorgeschlagen hat: zwischen Regler und Batterie testweise eine Brücke legen - das würde ich aber nicht nur auf den Pluspol einschränken sondern gleich beides testen. Hab die Erfahrung gemacht, dass durch schlechte Verbindungen im Kabelbaum die "lustigsten" Effekte auftauchen.
CDI und Spulen würd ich natürlich auch nicht ausschließen, aber die kannst du nicht "mal eben schnell" durchmessen.