So, da ich die Lösung mit den Sicherheitszonen nicht befriedigend finde (das verlagert nur das Problem, löst es aber nicht), habe ich mal Google befragt.
Das hier scheint zu helfen:
http://www.youtube.com/html5
Wie es aussieht, experimentiert YT gerade mit verschiedenen Tracking-Methoden, um eben herauszufinden, ob die HTML5-Einbindung von Videos schon praktikabel ist. Solche Tracking-Informationen werden in Cookies geschrieben, auf dem Client-PC gespeichert und von Scripten ausgewertet.