Ist das eigentlich dein erster Motor den du wieder her richtest?
Die wenigsten machen sich die Mühe einen Motor nach einem Schaden wieder her zu richten, weil du relativ günstig Ersatzmotoren bekommst.
Ich an deiner Stelle würde den Motor noch mal ausbauen, und ihn unten rum öffnen, dazu brauchst du den Kopf und die Zylinderbank nicht abzubauen, einfach Öl raus, die Seitendeckel ab, und dann die untere Hälfte demontieren.
Hier ist es ganz gut beschrieben.
http://gs-500.info/index.php?title=Motorinstandsetzung