Hattest du den Vergaser jetzt mal ausgebaut?
Was ich an deiner Stelle noch checken würde:
Vergaser richtig ge- bzw entdrosselt? Düsen/Anschläge/Luftfilter (bei deiner 99er Luftfilter 01d50 wenn sie entdrosselt ist.)
Die Gemischregulierschrauben (Gerade im Standgas wichtig (2 Umdrehungen raus))
Synchronisation der Vergaser (auch wichtig im unteren Drehzahlband)
Ventile am Motor einstellen (lassen)
Wenn du dir das alles nicht zutraust kannst du ja mal jemanden in deiner Umgebung fragen der sich gut mit der GS auskennt. Oder im Suche Bereich nachfragen.
Zusätzlich mal nach "gs 500 e whb" oder ausgeschrieben Werkstatthandbuch googlen! (Falls du das noch nicht hast)
Vielleicht helfen dir die Sachen ja noch weiter bis sie wieder richtig läuft