Schau auch mal nach dem Tanküberlauf-/Wasserablaufschlauch.
Es kommt immer wieder vor, dass "Spezialisten" den Schlauch an den Vergaser anschließen.
Der Schlauch soll aber hinter der rechten Fahrerfußraste in der Klemmschelle enden.
Wenn bei Regen irgendwie Wasser in die Vergaser kommt, führt das natürlich zu Problemen.
Wasser in den Zündkerzensteckern oder Kabeln ist natürlich ebenfalls schlecht.
Ich würde auch mal nach dem Luftkastenablaufschlauch gucken. Das ist der mit dem Rückschlagventil am Ende. Der Schlauch sollte in Ablaufrichtung natürlich frei sein. Wenn der verstopft ist, kann (Kondens-) Wasser über die Vergaser angesaugt werden.
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=16743