Ich hatte da auch mal ein ähnliches Problem, wo ich auch nur durch Zufall gefunden habe, woran es lag. Die Kiste startete zwar, beide Krümmer wurden auch heiß, aber der Motorlauf war alles andere als rund und das Fahren wurde teilweise zur Hoppelpartie; als ob ständig nur ein Kolben laufen würde (also keine saubere Leistungsabgabe) und ging teilweise auch einfach so wieder aus.
Ursache war dann schlussendlich, dass das Kabel vom Zündgeber vom Vorbesitzer so ungünstig verlegt wurde, dass es die halbe Ummantelung aufgescheuert hat und die Kabel in unregelmäßigen Abständen Kurzschlüsse mit dem Rahmen hatten, sodass das Gemisch teilweise nicht gezündet wurde.
Nachdem ich's dann neu verlötet und isoliert habe lief die Maschine wieder einwandfrei. Den Schaden am Kabel sah man vom einfachen draufgucken auch nicht, mir ist es nur aufgefallen, weil mir das Kabel im Weg rumhing und ich es daher anders verlegen wollte.
Hier noch ein Bild davon: