Na, hoffentlich weißt du dann auch, welche Drossel verbaut war und wie diese entfernt wurde. Wenn falsche Teile entfernt/eingebaut wurden, wird das nix.
Bei der 95er sind serienmäßig Drosselblenden in den Vergaserstutzen am Zylinderkopf und größere Hauptdüsen verbaut.
Teillastruckeln deutet auf eher zu mageres Teillastgemisch hin.
Die offenen Versionen benötigen oft Luftfilter mit weniger Luftdurchsatz da sie insgesamt magerer abgestimmt sind.
Bei Arbeiten an den Vergaserstutzen werden oft keine neuen O-Ringe eingebaut, dann kann es passieren, dass dort Falschluft gezogen wird.
Das kann alles für sich zu solchen Symptomen führen, wie du sie beschreibst.
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=10261
Ich würde mal einen neuen Luftfilter einbauen.
Aber erst gucken, welcher für eine ungedrosselte 95er GS passt. Da gibts verschiedene.