Ahoi Volker!
Vielleicht liegt es nicht am Filter (sofern du den mit dem Innenrohr hast...vor der Entdrosselung sollte es einer ohne Innenrohr gewesen sein), sondern an der Leerlaufgemischeinstellung.
Mangelnder Durchzug oder "Rodeo" bis ca 3000 Touren liegt oft an zu magerem Leerlaufgemisch.
Kannst du easypeasy bei heißem Motor nach Gehör einstellen:
http://forum.gs-500.de/showthread.php?t=33313