Da die Kurbelwelle starr ist, kannst du die Drehzahl der Zylinder zueinander nicht separat einstellen. Was man in Grenzen einstellen kann, ist die Drosselklappenstellung zueinander (Synchronisieren).
Fetter -> etwas kühlere Verbrennung, ich würde also rechts leicht fetter stellen.
Synchronisieren: Die Drosselklappenwellen sind miteinander gekoppelt. Zum Synchronisieren (Angleichen linker/rechter Zylinder) gibt es bei der Verbindung der beiden Drosselklappenwellen eine Einstellschraube. Die Synchronität der beiden Zylinder macht sich aber nur im Leerlauf- bis untere, mittlere Drehzahl bemerkbar, bis ca. 2000 U/min. Zum Synchronisieren braucht man aber Messgeräte und muss wissen, was man macht. Wenn man gescheit synchronisieren will, sollte man vorher alle möglichen Fehlerquellen beseitigen, also penibel auf Falschluft prüfen, Ventile einstellen usw.
Deiner Fragestellung nach zu urteilen, bezweifle ich, dass du (jetzt) weißt, wie das geht.
Wie hast du den Temperaturunterschied gemessen/gefühlt?
Serienmäßig sind die Hauptdüsen bei einigen GSen auch unterschiedlich. Kann auch dazu führen, dass eine Seite heißer wird.
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Man sollte es so oder so nicht übertreiben. 
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