So wie ich es gelernt hab zieht die Feuchtigkeit durch die Steine / Mörtel hoch. Daß von oben nix kommen kann muss natürlich konstruktiv sicher gestellt sein.
Genau deswegen wird die Schwelle ein bißchen (1-2cm) nach außen über das Fundament vorstehen gelassen, damit evtl. anfallende Nässe da abtropfen kann und nicht auf der Trennschicht landet
Wie gesagt: ich gehe nicht davon aus daß das zu ernsthaften Problemem in deinem Fall führen wird. Z.B. wird die alte "Holz mindestens 30cm vom Boden entfernt halten"-Regel gut einehalten, was ja heutzutage anscheinend nicht mehr üblich ist
(Und es kann auch sein, daß der Stand der Wissenschaft heute ein anderer ist als vor fast 30 Jahren, als ich das gelernt hab. Kürzlich hat mich ein Bekannter um eine Meinung gebeten wie er seine Fenster einbauen sollte und dabei habe ich festgestellt daß das heute ganz anders gemacht wird als damals. Allerdings wurde das mit der Trennschicht seit dem Mittelalter so gemacht, ich vermute eher nicht daß es da noch großartige neue Erkenntnisse zum konstruktiven Holzschutz geben wird.)